Près d'un an et demi s'est écoulé depuis la guerre civile d'Erebonia et beaucoup de choses ont changé depuis. Rean Schwarzer est devenu un héros de renom, mais son statut ne lui vaut qu'un emploi d'enseignant de classe VII à la Thors Branch Compus à Leeves. Cette école est une ramification de l'Académie militaire de Thors et n'est apparemment pas aussi prestigieuse. Quoi qu'il en soit, il rencontre bientôt ses élèves, l'impressionnante et audacieuse Juna Crawford, le disciple droit Kurt Vander, la robotique Altina Orion, ainsi que Musse Egret qui a le béguin pour Rean et l'agressif Ash Carbide. Inutile de dire que l'alchimie entre chacun est fantastique et que leurs interactions sont divertissantes, agréables ou déchirantes à regarder. Bien que le calme règne pour le moment, l'infâme organisation Ouroboros fomente toujours en secret un obscur complot qui pourrait faire sombrer tout le continent dans une guerre destructrice... ou quelque chose de plus sinistre encore. Même si la nouvelle classe est formidable, les anciens amis de Rean de la classe VII sont de retour dans le mêlée, comme Alisa, Machias, Jusis, Millium, Gaius, Laura, Fie, Elliot, Emma et son chat Céline, Towa, Sara, Sharon, Claire, et Elise la sœur de Rean. Vous pouvez supposer qu'il ne s'agit que de personnages d'arrière-plan, mais au fur et à mesure que la campagne avance, vous retrouverez la majorité de ces personnes à vos côtés et pourrez les échanger à votre guise. L'un des nouveaux personnages préférés des fans est Tita Russell, qui est en fait issue de la série Trails of the Sky. Non seulement elle est mignonne, mais elle est également une ingénieure Orbal très utile sur laquelle vous pouvez compter pour améliorer vos capacités.