Nintendo a confirmé que les contrôleurs Joy-Con de la première génération de Switch seront compatibles avec la Switch 2. Les joueurs pourront également l'utiliser pour contrôler les nouveaux titres Switch 2. Cependant, les fonctionnalités exclusives de la nouvelle console ne peuvent pas être utilisées. La Switch 2 introduit le contrôle de la souris et un nouveau bouton C. Ces fonctions sont réservées aux nouvelles manettes Joy-Con. Certains jeux qui ont été spécifiquement développés pour ces fonctionnalités ne sont donc pas jouables avec les anciennes manettes. Il existe également des restrictions lors de l'utilisation de contrôleurs plus anciens : par exemple, la Switch 2 ne peut pas être réveillée du mode veille à l'aide du bouton d'accueil d'un ancien Joy-Con. La fonction GameChat doit également être démarrée via le menu s'il n'y a pas de bouton C.