Le monde est menacé par des forces maléfiques, causant la ruine de Valthirian, avec peu d'espoir, vivent ses citoyens et seules les Écoles de Héros, peuvent sauver le destin de cette nation. C'est donc à vous de prendre le contrôle d'une école et de la reconstruire pour faire face au terrible mal qui cause la destruction de Valthirian. Le jeu commence lorsque vous êtes le nouveau directeur de l'académie et que vous êtes reçu par les membres de l'école. Là, vous êtes informé de la situation de sa place, et de leurs responsabilités. Ainsi, l'histoire initiale du jeu est très résumée, centrée sur les mécaniques de gameplay, et au fil du jeu, on comprend mieux ce qui se passe dans l'intrigue. Tous les héros ne naissent pas prêts. La plupart d'entre eux ont besoin de formation, de connaissances et d'expérience, et dans Valthirian Arc : Hero School Story 2, il vous incombe d'éduquer les nouveaux héros d'une époque. Nous pouvons supposer que Valthirian Arc : Hero School Story 2 nous présente deux moments de gameplay : le premier est axé sur la gestion de l'école, où vous construiser et améliorer des bâtiments tels que le gymnase, le marché, la cafétéria, le dortoir, le laboratoire, entre autres, et nous pouvons également effectuer la recherche, pour faire évoluer nos bâtiments, et apporter des améliorations à la fois dans les batailles, ainsi que pour l'académie. En plus de tout cela, nous définissons également les types d'entraînement pour chacun des élèves, puisque chacun a sa propre compétence primaire, qui ressemble à une classe. Il s'agit des compétences d'attaque physique, de dégâts magiques, divine et d'arc, où chacune de ces compétences possède un arbre de compétences, appelé cours. C'est à vous, le directeur, d'inscrire les élèves à certains cours, afin de développer et d'autonomiser nos futurs héros.