Il vaut mieux backuper systématiquement un certain nombre de répertoires, et dire aux utilisateurs que ceux-là sont backupés. Quitte à finir par tout backuper ...

Pour faire le backup d'une DB SQL, il faut que le serveur fasse un snapshot de ses fichiers, ou un dump SQL de ses databases, sinon tu ne sauras rien faire de tes backups. Alors autant dire au serveur de faire son dump sur un directory backupé.