L'histoire de Morsels est complexe et très originale : nous incarnons une petite souris qui veut vaincre des chats envahisseurs, tyranniques et cruels , qui, après s'être emparés des Morsels ( des cartes magiques tombées de l'espace), veulent s'emparer d'abord des égouts, puis de la ville et enfin du ciel lui-même. Une fois les fameux Morsels (Morceaux) absorbés, et donc « mangés » et assimilés , ils donnent au joueur la capacité de prendre la forme d'une petite créature dotée de son propre système de défense caractéristique, utile pour surmonter les différents niveaux et vaincre un à un les terribles chats, qui représentent les aspects les plus sombres de la nature humaine , tels que la soif de pouvoir ou le matérialisme pur. Une souris , cachée dans les égouts, découvre une carte et se lance dans un voyage chaotique et magique pour libérer le monde d'envahisseurs maléfiques, en puisant également dans le pouvoir des Morceaux . Ces derniers représentent non seulement les armes permettant de progresser dans les différents donjons, mais aussi les objets à collectionner du jeu , visibles grâce à une sorte d' album d'autocollants regroupant tous les spécimens trouvés au cours de l'aventure. Leur apparence rappelle celle de Pokémon difformes , chacun possédant des capacités uniques, et leur utilisation dépend de la situation : il suffit de choisir la carte la mieux adaptée au type d'ennemi rencontré.