Dans Rat Protocol, vous incarnez un rat de laboratoire ordinaire qui, à la suite d'un incident scientifique, développe une force et une intelligence hors du commun. Plutôt que de céder à la panique, les chercheurs aux commandes y voient l'opportunité parfaite pour lancer un protocole de tests intensifs. Votre objectif ? Survivre à 50 salles d'expérimentation truffées de pièges, collecter les cartes d'accès et prouver aux scientifiques la portée de vos nouvelles capacités. Rat Protocol reprend les bases fondamentales du Sokoban (déplacement de caisses) tout en y injectant une grande variété d'éléments interactifs au fil de la progression. Il vous faudra déplacer des caisses lourdes pour bloquer des faisceaux laser mortels ou maintenir des interrupteurs enfoncés, gérer des dangers (Manipulation d'explosifs, flaques d'acide, dalles de glace glissantes et systèmes de téléportation) et encore retrouver des cartes-clés pour déverrouiller la sortie de chaque chambre d'essai. Bien sur, le jeu introduit ses mécaniques pas à pas sans jamais brusquer le joueur. Le mécanisme phare est l'introduction d'un double holographique du rat qui reproduit chacun de vos mouvements. Résoudre des énigmes avec votre clone holographique nécessite de suivre les deux rats simultanément afin d'empêcher l'un de se mettre en danger pendant que vous manœuvrez l'autre. Malgré des salles parfois très touffues en fin de jeu, les solutions restent toujours logiques et compréhensibles. Le jeu est également très indulgent, car il n'y a ni limite de temps ni compteur de coups ; vous pouvez donc prendre tout votre temps pour tout résoudre. Cependant, la fonction « Annuler » intégrée ne permet d'annuler qu'une seule action, la rendant quasiment inutile, surtout dans les niveaux avec tapis roulants où les objets disparaissent simplement.