Ce n'est pas une très bonne idée de laisser l'utilisateur gérer lui-même les répertoires à sauvegarder.
Tu auras toujours quelqu'un qui aura oublié d'inclure un répertoire et en cas de crash du disque, vas-y pour prouver que son client backup etait mal configuré.
Mieux vaut imposer le même répertoire pour tout le monde, ainsi pas de soucis.