Alors plutôt qu'une synchro, ouvre iTunes, connecte l'iPad, vas dans le menu "ficher" et tu devrais y trouver un option "transférer les achats de <NOM DE L'APPAREIL>". Cela te permettra, comme le nom l'indique, de transférer dans la bibliothèque iTunes tous les morceaux et les applications achetées sur l'iPad sans passer par iTunes.

Plus de détails sur la procédure : http://support.apple.com/kb/ht1848?viewlocale=fr_FR&locale=fr_FR