En effet, souvent on confond les 2, car DOS s'utilisait en ligne de commande (la "console" s'appelle aussi un shell, et les scripts batch utilisent une syntaxe étendue du shell). Mais le shell existe toujours sous Windows, même Windows 7 et 8 ! Il a évolué, il s'appelle désormais "PowerShell", c'est plus classe mais le langage de base reste le même depuis 20 ans

La connaissance du shell est nécessaire pour apprendre le DOS, vu que DOS s'utilise en ligne de commande, mais il fallait aussi comprendre le contenu de certains fichiers de configuration propres au DOS, tels que les fameux config.sys et autoexec.bat que les ancêtres connaissent bien
J'ai personnellement aussi beaucoup bidouillé ces fichiers, notamment pour parvenir à faire démarrer Flight Simulator 5 pour DOS il y a quelques années, c'était déjà de la pseudo-3D et c'était très exigeant pour le matériel de l'époque...

Pour un développeur ça reste utile de bien connaître le shell, à la fois pour un usage en ligne de commande et pour créer de petits scripts. Et comme dit olaf, la notion de shell existe sur tous les OS, pas seulement DOS/Windows : dans le monde unix c'est très utilisé, par exemple pour faire des scripts et administrer des serveurs. Personnellement j'utilise la ligne de commande quasiment tous les jours