Premier truc à essayer (peut-être tout con, mais parfois ça fonctionne) : renomme le .mov en .mp4 et passe-le dans une des moulinettes ci-dessous.

- http://www.effectmatrix.com/total-video-converter/index.htm
- http://www.erightsoft.com/SUPER.html
- http://handbrake.fr/

Trois petits topics sur le sujet, au cas où tu ne les aurais pas encore lus :

- http://www.dvinfo.net/conf/cineform-software-showcase/134161-canon-eos-5d-mk2-video.html
- http://www.cameralabs.com/forum/viewtopic.php?p=116700&sid=b238da5ac35a6b7a9bb98- 6acdaf9d505
- http://forums.photographyreview.com/showthread.php?t=53264