Pour séduire l'utilisateur, il serait malvenu à Xubuntu d'amocher Windows. Il ne touche pas au MBR, et en cas d'ennuis il y a les tools comme fixmbr et fixboot qui remettent Windows sur ses pattes.
Je me relis et je vois que je ne réponds pas vraiment à ta question... si tu ne dois pas modifier la partition système, ça doit pas faire mal. Si tu dois y toucher, j'éviterais et j'insisterais avec les outils pour Windows style PM ou autre