Pour le JavaScript, il reste plusieurs bonnes sources, il y a en avait une chez Microsoft, qui a tout de même une bonne documentation dans MSDN mais il faut faire attention à la compatibilité, sinon il y a aussi MozRef:
http://mozref.com/

Pour le reste je dois dire qu'à chaque fois je fais ma recherche sur Google plutôt que d'avoir une référence fixe pour le JavaScript.

Ah oui, j'allais oublier, il y a une liste de liens dans les FAQs HTML et il y a des liens javascripts:
http://www.informaticien.be/know_article-2015-Listes_de_bons_sites_CSS__HTML__XHTML.html