Je fais un post en public plutôt qu'aller embêter Zion en MP directement

J'ai un serveur dédié hébergeant plusieurs sites, imcdb.org et antp.be étant les principaux.
Ça tourne avec Fedora, lighttpd, php, mysql.

Sur antp.be mysql ne sert pas beaucoup, c'est surtout pour le phpbb qui est dessus.
Par contre imcdb.org dépend complètement de la base de données.
Les deux ont des bases distinctes, mais sur la même instance de mysql (enfin je présume).

De temps en temps (une fois par jour en moyenne) une grosse requête dans phpbb met à genoux le serveur web pendant 30 secondes.
Ce qui est gênant c'est que ça bloque tout le web (mais j'ai encore accès en SSH par ex). mysqld en tête de liste de l'occupation CPU pendant ce temps.
Du coup mes questions :
- pourquoi est-ce que les pages web n'utilisant pas la BD sont aussi bloquées ?
- y aurait-il moyen d'avoir facilement une instance de mysql pour chaque DB pour ne pas que quand un DB est bloquée l'autre le soit aussi ? (y a bien assez de RAM libre sur le serveur)
- où dans la config je peux limiter le temps d'exécution de ce genre de trucs ? Si possible pouvoir le limiter juste pour un site ou une BD