Alors en Java j'en sais fichtre rien, mais en utilisant les API windows la oui, tu dois pouvoir trouver ce que tu veux en cherchant des infos sur cette fonction:

QueryPerformanceFrequency:
http://msdn.microsoft.com/library/default.asp?url=/library/en-us/winui/winui/windowsuserinterface/windowing/timers/timerreference/timerfuncti- ons/queryperformancefrequency.asp
http://www.codeguru.com/forum/showthread.php?t=307207