Marrant, dans mon appli wxPython j'ai justement implémenté un truc du genre l'autre jour. Moi aussi je dois lancer un programme externe (aussi en console), je fais ça dans un thread et j'affiche sa sortie dans un textCtrl. J'avais trouvé mon bonheur sur stackoverflow (comme souvent) :
http://stackoverflow.com/questions/879511/wxpython-execute-command-asynchronously-display-stdout-in-text-widget
Par contre c'est pas encore tout à fait au point dans mon cas, mais je dev ça chez moi à la petite semaine