La fusion de Windows Phone et Windows RT est logique et était prévue en effet.
Par contre pour l'OS PC, c'est moins évident... mais la disparition du bureau n'est pas nécessairement un mal si c'est remplacé par un truc efficace, supportant correctement les applications actuelles. Plutôt que d'avoir les deux systèmes qui cohabitent bizarrement comme dans Windows 8, ils pourraient trouver un moyen d'intégrer le tout en un ensemble harmonieux et efficace.

En même temps, si ils arrivent à trouver une manière de faire tourner des applications desktop sur un smartphone ou une tablette, ce serait vraiment un argument face à la concurrence.

Y a à peu près aucune chance pour une fusion à ce niveau-là.
Avec Windows Phone 8 ils sont passés au kernel de NT, ce qui fait que les applications peuvent utiliser du code natif et pas juste être en .NET, mais pour l'API ils ne vont pas aller porter tout Win32 (mode "desktop") dedans, ça serait pas faisable, les smartphones et tablettes à mon avis garderont juste la partie "Metro".

La fusion c'est pour la partie "Metro" : pour le moment y a un store séparé pour Windows Phone et Windows RT, ce qui est contre-productif.
C'est sur PC qu'il faudrait améliorer la cohabitation des deux systèmes ("Metro" vs "Desktop")
Et à terme j'imagine que les apps "Metro" des trois plateformes pourraient être compatibles.