Nintendo a mis en ligne un guide pour aider les utilisateurs à transférer leurs données 3DS sur la New Nintendo 3DS. Plusieurs méthodes sont d'ailleurs possibles. Rappelons en effet que, contrairement à d'autres consoles, le profil utilisateur (NNID) est lié à la console et non à un compte. Il est également recommandé d'effectuer ce transfert avant de commencer à jouer sur la New Nintendo 3DS :