Pour la question sur PHP : ça convient parfaitement, aucun problème de lenteur !

Pour la question sur l'affichage sexy des graphiques : utilise une lib JS du style http://www.highcharts.com/

Pour la génération de PDF : une méthode simple consiste à appeler le moteur de webkit en shell : http://code.google.com/p/wkhtmltopdf/ Testé et approuvé, ça marche très bien

Sinon tu peux aussi utiliser un outil de reporting spécialisé tel que Jasper ou Birt... Le gros avantage est de pouvoir rendre tes rapports en différents formats de présentation (html, pdf... ) et aussi d'exporter au format Excel (ça les utilisateurs adorent).